Di bawah Program Regulator & Pengurusan Sumber beberapa program yang melibatkan kerjasama antara negara, komuniti dan turut melibatkan aktiviti konservasi. Antara program yang telah dijalankan adalah;
- Program Coral Triangle Initiative (CTI) on Coral Reefs, Fisheries and Food Security (CTI-CFF)
- Program ini melibatkan 6 buah Negara iaitu Malaysia, Indonesia, Filipina, Kepulauan Solomon, Papua New Guinea dan Timor Leste dengan objektif untuk memulihara sumber marin di kawasan perairan segitiga terumbu karang.
- Projek Sanktuari Dan Konservasi Perikanan Marin
- Projek ini adalah untuk mewujudkan satu modal taman sanktuari laut melalui kerjasama ‘menang-menang’ dengan komuniti nelayan di kawasan pesisiran pantai, seperti mana konsep projek Tagal yang dilaksanakan di kawasan sungai dengan kerjasama komuniti setempat.
- Projek Rehabilitasi dan Penanaman Semula Terumbu Karang bersama Komuniti
- Projek Rehabilitasi dan Penanaman Semula Terumbu Karang bersama Komuniti akan melibatkan komuniti setempat dalam aktiviti rehabilitasi dan penanaman semula batu karang. Rehabilitasi dan penanaman semula ini melibatkan pembinaan rangka konkrit yang dibina sendiri oleh komuniti, selaras dengan rekabentuk yang telah dipersetujui.
- Program Kesedaran Konservasi Marin dan Program Pembersihan Pantai bersama Komuniti
- Program kesedaran konservasi berkenaan kepentingan ekosistem marin komuniti setempat.
- Program Alat Penyisih Penyu-Turtle Excluder Device (TED)
- Program ini dilaksanakan sebagai sokongan terhadap konservasi megafauna marin yang bertujuan untuk menangani penangkapan penyu dan species CITES terancam secara tidak sengaja oleh nelayan.
- Program Penguatkuasaan
- Program penguatkuasaan Jabatan terdiri daripada penguatkuasaan di laut dan darat. Aktiviti ini fokus kepada penguatkuasaan Akta Perikanan 1985.
- Sistem Pemantauan Vesel – iiVMS
- Intruder Intervention System Vessel Monitoring System (iiVMS) merupakan sejenis alat yang dipasang di setiap kapal nelayan (Pukat tunda & Jerut) bagi membolehkan Jabatan dapat memantau 24 jam pergerakan atau aktiviti operasi menangkap ikan kapal-kapal komersial perikanan. Sistem iiVMS boleh diakses melalui laman web dan di mana-mana sahaja melalui peranti seperti komputer, tablet atau pun telefon pintar.
- Program Tagal
- Program tagal merupakan merupakan antara aktiviti utama yang dilaksanakan oleh Jabatan. Sebahagian besar aktiviti ini dilaksanakan di sungai-sungai yang terdapat di kawasan Pantai Barat dan Pedalaman negeri Sabah.
- Program Melabuh Tukun Tiruan di Perairan Sabah
- Program melabuh tukun tiruan merupakan antara aktiviti utama yang dilaksanakan oleh Jabatan. Program bertujuan untuk memulihkan sumber perikanan pantai dan dalam masa yang sama dapat melindungi kawasan persisir pantai daripada diceroboh.
- Program Pelesenan dan Permit
- Program ini melibatkan proses pemohonan pelbagai jenis lesen dan permit yang disediakan oleh Jabatan.